罗曼洛夫王朝在俄国政治舞台上活跃三百多年后，于1917年被迫谢幕。1918年后，末代沙皇尼古拉二世一家的命运成为一谜，这个谜延续了大半个世纪，直到近年才基本解开。最后的定论还依赖于一门在俄国被阻止发展的的遗传学和分子生物学。这个谜的产生和解开，也给罗曼洛夫家族丰富多采的历史划了一个长长的标点。
罗曼洛夫王朝初起
罗曼洛夫王朝始于1613年，第一位做沙皇的罗曼洛夫是米哈伊尔，他的皇位来的稀奇：不是传来的，不是抢来的，也不是偷来的。取决于各人观点，可以说是捡来的或请来的。他的姑婆是沙皇伊凡的皇后，米哈伊尔的父亲虽然曾得过沙皇重用，但早已遭恶运：双亲被强迫分开，父母皆被贬入寺院、分别为僧为尼，米哈伊尔因此在寺院里长大。父亲重去投军后又被德国军队俘虏。沙皇伊凡之子无后，死后俄国无正宗首脑15年。从伊凡的苛政到以后的乱世，俄国的日子大概不会比二十世纪有些时好过多少。这样的大环境下，罗曼洛夫家族却终于有了时来运转：一些东正教会和俗世头面人物决定请尼姑母子出庙，立米哈伊尔为沙皇。16岁的米哈伊尔当时跟随母亲在庙里很难说是靠过人的天才而得敬佩，也不能靠在异邦的战俘父亲做后台，他的皇位据说是众权贵念他的姑婆－－伊凡之皇后－－的德行而来。米哈伊尔掌位后，主要是在1619年把自己的父亲从德国俘虏营赎回，把治国实权拱手上交给他，这好象与当今英国女王迟迟不让位致使年近半百的儿子还在做王子的风格颇不一样。
青年米哈伊尔自己则忙于王朝的长远之计：找皇后，交配，传宗接代。那个时代，这还不完全是花花公子的生活方式。弱小的俄国皇室很想与欧洲其它王族攀亲，却到处碰壁，有些王室连米哈伊尔的父亲派来的求亲者见都不见，米哈伊尔最后只好找了本土的配偶。
欧洲王室看不起的不只是新沙皇。当时欧洲国家以自我为中心，鄙视俄国，将之排斥在欧洲外，视为亚细亚国家。这跟几百年以后俄国歧视日本，日本鄙视亚洲其它国家大概也没有什么区别。这种种族、国家差异为依据的歧视很难说是完全不同于地域差别造成的其它形式的歧视或偏见，中国好象也不能免俗。
三百年前的俄国被强国排斥时，有一部分人不是扭起脖子来说不，而是觉得本国有需要急起直追。几代罗曼洛夫家族成员虽然为皇权有过不颇人道的争斗，可是在富国强兵，和“欧洲化”（彼时俄国“现代化”的代名词）的过程中却是有一致努力的。其中以彼得大帝和叶卡特琳娜二世影响最大。
罗曼洛夫王朝的中兴
虽然说是米哈伊尔的孙子，彼得大帝的皇位却来之不易。他的父亲阿列克赛，1645年米哈伊尔去世后也在16岁时做沙皇。阿列克赛与第一任皇后生的多个子女中有两子一女存活下来，那两个儿子的身体都不好，小的其实是先天痴呆。彼得的母亲与沙皇生的子女中只有彼得一个活到成年，而且身体特别好。彼得的父亲去世后，他的异母长兄继位。不过6年，连后代都没生，就去世了。这时权贵们决定立10岁的彼得为沙皇。但是，彼得同父异母的姐姐索菲娅靠男朋友和宫庭卫队逼权贵们增立那个比彼得大不了多少的痴呆为共同沙皇，而且要以年龄为排序标准，当然其目的都是为了最后一条：立索菲娅为摄政王。索菲娅也推行过一些欧化措施，也让自己的男朋友去带兵打仗，成效不大。
少年彼得喜好西方的东西。常去莫斯科被隔离的外国使馆区，耳闻目睹了一些西欧文化，也染上了醺酒嫖妓之习性。个子大的他脾气暴燥会打人，他还特好玩军事游戏，以“玩玩的士兵”自组两个团。从使馆区招了外国“军事顾问”，从国库里领了枪炮。1689年，17岁的彼得靠已有一千官兵的这两个团逼索菲娅逊位，去了尼姑庵。彼得掌权后，还嫌以前沉迷于西方不够，于1697年派一个使团出访西欧，自己在其中（一开始假装为小军官），一年半里亲眼看了西欧多方面实情，医院，博物馆，天文台，各式工厂：制币厂，军工厂，最喜欢看造船厂，看了荷兰的觉得不够科学还要看英国的，在当时最好的一个英国造船厂待了六个星期。回国后，推行的那些措施就最接近于后人所谓的“全盘西化”，最先连衣服款式都要逼俄罗斯人改穿西欧式的，还要臣民刮胡子（这在当时为势力强大的教会所反对的，虽然这不过是象清末的剪辫子一样主要是象征性意义），他还设立了第一个俄国的解剖博物馆。彼得推行政治改革、鼓励工业化、安内攘外，陆军越战越勇，俄国海军在他任上从无到有，终于先在陆地上，后以第一个波罗地海舰队在海上，打败当时强国瑞典，也战胜过奥斯曼帝国。俄国从瑞典这个以前大不在意自己的国家手中夺得一片靠波罗地海的土地，成为了俄国西部。在这片土地上，彼得大帝下令设计建造了圣彼得堡（以后也叫过彼得格勒和列宁格勒）。其后多半时间，俄国首都也被移到接近西方的圣彼得堡，而不是莫斯科。
虽然公认彼得大帝使俄国强大了许多，他对政敌却很残忍。他也试图以严刑治贪官污吏，但是腐败问题在他任上还是愈演愈烈。
对于家族王朝来说，他遇到了“接班人”的问题。他与第一任皇后关系在婚后几周内就不好，虽然生了一个儿子，彼得从西欧回来不久就正式休掉了她，并赶进尼姑庵。以后就是有非皇后生的子女也不能为沙皇继承人。直到他从亲信大将门切尼可夫那里转来一位出身低微的立陶宛女子（也许是以后阿根廷女子伊薇塔·佩隆一类人物的先躯），大加宠爱，以至她成为有子女参加婚礼的人物的榜样：先生育子女而后结婚。可是第二任皇后生的四个儿子和六个女儿多半早逝，只剩下两个女儿。这些皇室后代生存的情况，很容易使人推测以前为什么没有人口爆炸的问题。第一任皇后生的儿子却是不可教育好的子女，后来竟以企图谋反父皇罪，被判决死刑。
到彼得大帝1725年死时，那“不孝之子”留给彼得的一个孙子只有9岁。最后在彼得大帝没有明确遗嘱的情况下，有权贵翻到了一纸彼得大帝赞扬其皇后辅帝有方的信，作为皇位传给彼得的第二任皇后的理论依据，可见“你办事，我放心”的学说以前也有洋人实践过。
这第二任皇后继位后就是叶卡特琳娜一世了。她靠门切尼可夫的辅佐在位2年，但巧妇难在无丈夫的情况下造后代，所以她仍难解决接班人的问题。死后传给彼得大帝那个“不孝之子”留下的这时11岁的孙子（彼得二世），他曾试图逆转彼得大帝给俄国带来的变化，但不到3年就去世了。这以后有一段比其它时候还要乱的传（或者更精确地说是抢）皇位。
叶卡特琳娜一世与彼得大帝生的次女伊丽莎白曾想在这时继位，未果。因为彼得大帝那位痴呆的哥哥（伊凡五世）生育能力倒不差，他的后代中女儿中有一位嫁到中欧小公国去后又因为守寡而回俄国的安娜。最上层的权贵觉得她弱而故意立她为沙皇，只是附带要她在一个秘密协议上签字：所有的大事都要经这几个人的同意。安娜女沙皇当时答应了，但很快就撕毁了协议。可惜的是她揽权有术，治国无方：请了一群她所嫁去的德国小公国的外国人出任多个俄国要职。她有的是外观的欧化而缺对国力的推进。她在位十年（1730-1740），死时，安排好了传位给亲姐姐的三个月的孙子（伊凡六世），这样她的外甥女又可以做摄政王。刚满一年，叶卡特琳娜一世与彼得大帝的女儿伊丽莎白在男朋友和宫庭卫队支持下推翻了摄政王，废小沙皇并将他终生囚禁，而伊丽莎白自任沙皇。
伊丽莎白在位二十年（1741-1761），重新推动其父彼得大帝的国策，在“七年战争”中打败了普鲁士，在文化上活跃和发展了俄国文化新时期。俄国“大知识分子”罗蒙洛索夫和苏马洛可夫主要活动是在伊丽莎白时代。出身渔民家庭的罗蒙洛索夫公认为俄国第一位伟大的科学家，在化学物理多个领域有超前发现，他多才多艺，后来被普希金称为历史学家、力学家、化学家、矿物学家、艺术家和诗人。出身贵族的苏马洛可夫在文学和戏剧方面为俄国作出了很大贡献。
伊丽莎白女沙皇接受罗蒙洛索夫建议，在1755年支持他设立了俄国第一所大学：这就是以后久负盛名的莫斯科大学。经过伊丽莎白时代，彼得大帝开创的文化上的西化在俄国贵族阶层被普遍接受，甚至是造成“崇洋媚外”了，同时也加大了贵族阶层与平民的差异。
在传宗接代上，伊丽莎白把自己的亲姐姐的儿子彼得从外国接回来，发现又是一个无能之辈，伊丽莎白帮他物色了中欧另一小公国的妻子叶卡特琳娜，他却十年无生育。十年后叶卡特琳娜生一子保罗，有人认为可能不是彼得所生。伊丽莎白从保罗一出生就接走由她照看，而叶卡特琳娜连过问都不便。伊丽莎白死后，保罗(彼得三世)继位不到半年，叶卡特琳娜在男朋友和宫庭卫队支持下逼自己的丈夫放弃皇位，自立为沙皇(叶卡特琳娜二世)。她的男朋友们还找个借口挑衅已经被关起来的彼得三世，从而把他杀死。正式宣布的死因“急性肠痉挛尽力医治无效”。因为她自己是与罗曼洛夫家族没有任何血缘关系的德国人，叶卡特琳娜二世还不放心一个这时已被关近了二十一年的，十五个月起就被伊丽莎白废了皇位的罗曼洛夫男性伊凡六世。可怜这位从小就为亲姨婆和母亲背罪，被表姨婆关起来的青年，最后被表姨指使的人杀了，做了生于皇族之家而不得好命的例子。
叶卡特琳娜二世以后也称为叶卡特琳娜大帝，她在位三十四年(1762-1796)。用被赋予深刻意义的随机数字做的术语来说，彼得大帝是俄国十七世纪到十八世纪的跨世纪领袖，而叶卡特琳娜大帝也就是推动俄国进入十九世纪的领袖了。
叶卡特琳娜虽然本是德国人，她却使俄国人大长了民族气慨。她继位初期先让军队和国家得了一阵修整，有一位男朋友波登金帮助建新城市，并协力建好黑海舰队。稍后镇压了农民起义，以后战过奥托曼帝国，瓜分了波兰，扩大了俄国版图。
在“西化路线”上，熟悉西欧文化的她在前期更是让俄国“越滑越远”：更新法律，送贵族青年留学，引进西欧文学、哲学。当时小说有这样描绘：凡是去过巴黎的俄国人都有资格在谈“俄国人”时不把自己包括在内，可见“洋化综合症”非二十世纪中国的发明。
叶卡特琳娜大帝还以金钱和权力来支持外国和本国的“知识分子”，让他们出书。她特别喜欢法国的伏尔泰，买起西欧艺术品来就象二百年以后的马科斯夫人买鞋似的。西化风气在俄国盛行的程度也更普遍，而不局限于大城市了。
在以农民利益为代价的情况下，叶卡特琳娜给了贵族庄园主较多好处，也许是想巩固他们对外国来的女沙皇的忠诚或支持。她也用了自己不断有的众多男朋友中的一些来辅政。其中波登金最有成效，而最后一位小她近四十岁的朱波夫，大误她的国事还不为察觉。叶卡特琳娜后期在面临自己起初大力提倡的西化思想带来“持不同政见”的情况时，她显出了“叶公好龙”：当引进的思想不只是模仿外国沙龙聊天的题材，而是有人觉得是可以用来思考甚至批评俄国社会时，叶卡特琳娜大帝就不能容忍了。拉迪希切夫、诺维可夫等一些出身贵族但却不满现实的人，因为敢于出书和文章来描绘俄国农村现状、讨论不顺耳意见，他们被叶卡特琳娜或流放西伯利亚，或关监狱。
1789年法国大革命后，叶卡特琳娜大帝更是下令停止翻译包括一些以前她自己提出要翻译成俄文的西方著作，禁止出版包括以前她提倡引进的书。从此，一场最初由沙皇开始的自上而下的西化过程，至少在政治和思想方面民间开始超前了，而且与沙皇政权有利益冲突的苗头。也在沙皇政权似乎最得意的时候，埋下了它最终被推翻的种子，虽然这个过程又经历了一百多年。
叶卡特琳娜之子（与彼得三世的血缘关系不能肯定的）保罗一世到四十二岁才继位。他的第一任妻子是德国小公国荷塞－达姆斯特的公主，早因难产去世，没来得及做皇后。因为母亲怕儿子威胁她的合法性，保罗一世在母亲执政时一直被排斥在政坛外。在位仅五年，主要规定了罗曼洛夫家族沙皇传位方式，以避免接班问题一再出现。但他自己又在1801年因宫庭政变被杀，不过这倒是罗曼洛夫王朝最后一次宫庭政变（虽然二十世纪的赫鲁晓夫和戈尔巴乔夫的下台使它不能称为俄国的最后一次宫庭政变）。
保罗一世的传位措施确实解决了罗曼洛夫家族内部的皇位传递问题，十九世纪的传位都是规范化的，保罗一世之子亚力山大一世继父之位，自然死亡无后且大弟弟康斯坦丁拒绝继位而传给二弟尼古拉一世(1825－1855在位)，以后都是规范传子：亚力山大二世(1855－1881在位)，亚力山大三世(1881－1894在位)，尼古拉二世(1894－1917在位)。
十九世纪的俄国，沙皇虽然各有所为，其中最令人难忘的是亚力山大一世与拿破仑交锋(“第一次卫国战争”，1812年先失莫斯科，1814年攻下巴黎)。
但十九世纪的俄国最有味道的也许是活跃了的民间。一大批才子出于十九世纪的俄国，包括：诗人普希金，作家卡拉姆金、莱蒙托夫、果戈尔、图格涅夫、陀斯朵也夫斯基、托尔斯泰，评论家贝林斯基，音乐家柴可夫斯基等。
罗曼洛夫王朝的危机和覆灭
虽然保罗一世解决了罗曼洛夫家族内部传位的问题，但是沙皇家族“小团体”与觉醒中的广大民众的关系却一直没有解决。沙皇与知识分子的关系各式各样：打压用都有。早期知识分子同一团体中参政，议政，反政府的都有。亚力山大一世曾试图立宪法，行政改革，因放不了绝对权力而不成。有些参与协助谋划的知识分子后来还有被流放的。亚力山大一世本人后期宗教狂，神秘死于外地（据说以后苏维埃时代开棺里面是空的）。
尼古拉一世继位之日就是“十二月党人”闹事之时。这群目的纲领计划不全的年青军官被沙皇轻易用武力镇压。尼古拉一世也尽力在军事和政治上精治了俄国。他还建立了一套对出版物的审查制度，甚至亲自招普希金来给他的作品“提建议”。他一面“平反”和起用了被流放的人士，一面建立专门机构来监视全国的可能政见异议者。他也让自己的“精英”（包括一个前流放分子）来提个大不动小动的改革建议。虽然这些措施在西欧都没有阻止皇权倒台，沙皇总是相信俄国有俄国的国情，这个国情当然也是沙皇自己的版本。尼古拉一世用了很多心做培养接班人的工作，对儿子亚力山大二世不光有老师教，还使他年青时就游历了俄国多个地方，也去了欧洲多个国家，并直接参政。
亚力山大二世继位后，推行过大改革。他在米留丁协助下推出了解放农奴法，收买庄园主土地归农民集体所有。他也由米留丁兄弟等协助连续推出行政、法律和兵役等方面的重大改革法案。亚力山大二世可能是最多花精力推动俄国国内改革，也是最多放权的沙皇，有讽刺意味的是他是唯一在位时被革命党人杀死的沙皇。他的儿子亚力山大三世继位后在经济发展上继续先辈的政策，而政治上全面倒退，革命党人和自由派人士，学生，职员，农民一概严厉打压，得到了表面上的稳定。可是他自己抗不过命，得肾炎而死。
亚力山大三世高压下得到的稳定在他的儿子尼古拉二世终于维持不了。1905年俄国暴发大罢工、罢市、罢课，尼古拉二世靠武力镇压后竟然认为俄国民众应该觉得对不起他们的领袖沙皇。一些上层人士建议的改革要就不采纳要就太慢太少，沙皇好听自己不懂治国而喜制人的原来德国小公国荷塞－达姆斯特公主作的皇后的点子。在国家形势巨变时代感觉迟钝，热衷于皇后形成的小圈子，这个小圈子包括庸才和怪人（如“农民圣人”拉斯普丁）。等到1917年二月革命暴发时，下层上层一齐反，尼古拉二世在外地连家都回不去在火车上被逼弃位。
尼古拉二世一家的命运
尼古拉二世一家的命运成了罗曼洛夫王朝的最后一章。1917年前段时期，由沙皇时代上层人士组成的临时政府象走马灯一样换首脑，但克仑斯基等人一直有意保护沙皇一家的人身安全，甚至希望让他们去英国。尼古拉二世夫妇都是英国皇室的亲戚，十七世纪罗曼洛夫攀欧洲皇亲的困难到十九世纪已不是问题了。沙皇尼古拉二世的母亲与当时英国国王乔治五世的母亲是亲姐妹，沙皇后亚力山德诺娃的母亲是英国维多利亚女王的嫁到德国小公国荷塞－达姆斯特做王后的女儿、乔治五世父亲的姐妹。乔治五世最初也表示愿接自己的的表兄妹去流亡，后反悔，使俄国皇室和贵族以后的遗族长期憎恨英国。克仑斯基只好把尼古拉二世一家转移到革命不最热烈的西伯利亚的托波斯克。十月革命推翻临时政府后，尼古拉二世一家被苏维埃政府转到叶卡特琳堡。1918年7月17日晚被乌拉尔苏维埃政府以尤乌洛夫斯基为首的行刑队枪决。7月20日莫斯科和彼得堡公开报道人民公敌沙皇被枪决，7月22日叶卡特琳堡地方报纸说沙皇被枪决而家庭成员被转移（以免为白军救去）。7月20日至九月下旬，布尔什维克外交委员会主席和欧洲司领导人多次向沙皇后亚力山德若娃的母国德国的外交机构表示亚力山德诺娃及子女是安全的，可能以“人道理由”释放，甚至提出可能以他们交换在德国的俄国战俘。
尼古拉二世枪决后的第八天，白军攻占叶卡特琳堡，并派索霍洛夫调查尼古拉二世一家的命运。他访问了一些当地人，在一个废矿井里找到一些遗物、沙皇家庭医生的假牙和狗的残余等。1919年夏天，红军把白军赶走后，他的调查也就中止了。1922年苏联外交委员会主席在国际会议上被记者提问时回答不知道尼古拉二世的女儿们的命运，说从报上听说她们去美国了嘛。1924年，索霍洛夫在巴黎出书，称行刑队枪决了尼古拉二世全家：沙皇后、22岁的女儿瓯佳、21岁的女儿塔悌阿娜、19岁的女儿玛利亚、17岁的女儿安娜斯塔霞、13岁的儿子阿列克赛(一位从小受先天性血友病之苦的少年)，他们的医生包特金、司机特鲁波、厨师卡雷托诺夫、和沙皇后的女佣德米多娃，以及小孩的宠物狗。
对于一个疑问：为什么没有任何人的尸体残余？索霍洛夫书中解释是的行刑队枪决后把人丢到废矿井用硫酸处理后又用汽油烧毁了。索霍洛夫的调查结论较快为西方接受，虽然沙皇的母亲（丹麦公主）一直不相信儿子一家死了，也拒绝见索霍洛夫或他带来的“遗物”。书出后不过数月，索霍洛夫去世。1926年，乌拉尔地区苏维埃政府首脑拜科夫出书《沙皇最后的日子》，内容有很多看似抄袭索霍洛夫的书，不过加了一点：尸体在废矿井处理后和烧后又转移到另一沼泽地去埋了。“强大的”苏维埃政府从此不再否认尼古拉二世全家及随行人员的死亡，当地（叶卡特琳堡改称斯维尔得诺夫思克）还有好汉出来讲和争谁是枪决谁的英雄。1927年，尤乌洛夫斯基的左轮手枪交到红场的革命博物馆为革命历史文物。关于尼古拉二世全家命运以后常有谣传女儿安娜斯塔霞或儿子阿列克赛斯没有死，有各式人冒出来说自己是她或他。其中延续最久的是安娜·安德生：从二十年代起到八十年代她去世，一直有人（包括沙皇近亲）相信或不相信她是安娜斯塔霞，两种意见互不服对方。
1976年，英国广播公司两位记者发表一书，其中有引专家对找不到尸体的疑问，这些法医或体质人类学家认为即使经过硫酸和汽油的处理，象牙齿一类也还会留有残余。1977年，克格勃首脑安德罗波夫建议总书记勃列日涅夫下令把处死沙皇的房子销毁，当时在西伯利亚的斯维尔得诺夫思克地区作第一书记的波里斯·叶利钦直接贯彻了指示，推土机很有效地完成了任务，似乎可以阻止人们对尼古拉二世一家的好奇。
尼古拉二世一家的下落
斯维尔得诺夫思克当地有一位地质学家阿乌栋宁，他长期对尼古拉二世一家的命运感兴趣，1976年他使一位莫斯科的来访者雷波夫也对此大感兴趣。雷波夫出身于革命家庭、是电影制片人和侦探小说作家，回莫斯科后他以拍片需要的借口通过内务部长查有关沙皇的材料。一方面阿乌栋宁根据索霍洛夫和拜科夫书中的不受重视的线索，在当地寻找尸体的埋葬处，另一方面雷波夫在1978年找到了当年行刑队头目尤乌洛夫斯基的长子亚力山大。
这位退役海军将军有一份父亲在1920年写的、被禁止公开的关于行刑的报告副本，因为不以为荣而长期不安地收藏已久，这时就交给了雷波夫这个暗中感兴趣调查的人作为对父亲历史上最残酷一页的忏悔。
报告有行刑经过如十一个死者聚集在半地下室以为要被拍照，岂料被十一个行刑者同时开枪射杀（有两位行刑者是因为原定行刑者不肯对妇女儿童开枪而换上来的），报告里写在废矿井里处理尸体后，因担心当地人走漏风声，尸体又被转移，路上有一男一女两个尸体埋了，其它尸体埋葬地点确切方位写下了，这个方位正好是阿乌栋宁在探察的区域。
1979年5月，阿乌栋宁和雷波夫带来少数亲友，又兴奋又害怕地在那里挖到了尸骨，他们还带了两个头骨回家，可是又不知如何是好，准备只在家里传下历史，1980年又把头骨埋回去了。
1989年雷波夫觉得国情到了可以（或应该）公布的时候了，他先向戈尔巴乔夫去信，未得理睬后向报界公布，引起民众议论：即使在当时的背景下，一个政权如此“解决”一个去位皇帝的家庭和他们的（“无产阶级”出身的）随行人员是否人道？
1991年，叶利钦当选俄国总统。同年，阿乌栋宁得当地政府支持一起去挖尸体，最后总共挖到了九百多块尸骨，法医可以凑成五女三男，与尤乌洛夫斯基报告中此地应该少一男一女吻合。俄国卫生部派来的法医阿布拉莫夫从头骨分析认为少了公主玛利亚和皇子阿列克赛斯，美国佛罗里达大学的法医马坡斯从身上骨头分析认为少了公主安娜斯塔霞和皇子阿列克赛斯。
这些依赖骨头牙齿等做解剖特点分析的结论有一个重要前提：就是这些尸体材料要确实来源于所猜想的那一组人。这个前提是否对，是由分子生物学手段来检验的。
分子生物学在俄国不是世界上最发达的。苏维埃政府早年大批摩尔根的基因为资产阶级学说，现代遗传学、分子生物学在俄国起步不快。八十年代发展起来的DNA指模诊断还得到外国去做。
俄罗斯科学院分子生物学研究所的伊凡诺夫先决定与英国内务部法医服务中心的分子生物学家基尔合作来检验尸骨与尼古拉二世家庭的关系。1992年，伊凡诺夫把每人的骨头带了一点到英国，经DNA分析，很容易确定沙皇后亚力山德诺娃的身份（这还用了英国女王伊丽莎白之丈夫菲立普亲王的DNA进行比较，因为他是亚力山德诺娃亲妹妹的曾外孙）。而沙皇三个女儿与父母的关系也就很容易定。
尼古拉二世的身份确定多花了点时间，最后把他在革命前去世的弟弟出棺取材，在美军病理研究所经DNA比较而证明了尼古拉二世的尸骨。
那位八十年代已去世的自称安娜斯塔霞的安娜·安德生因为有一节外科手术留下来的肠子在弗吉尼亚州夏洛提维尔一个医院的病理标本中，DNA分析结果表明不可能是尼古拉二世家庭成员，而是一位波兰农民的亲戚。
这些DNA分析成为两篇论文于1994年和1996年发表在《自然·遗传》杂志。至此，除一位公主（安娜斯塔霞或玛利亚）和皇子阿列克赛斯的尸体没找到外，尼古拉二世一家的命运算是清楚了。
用这么大精力去研究沙皇一家遗体DNA的过程中，发现了一个以前没有预见到的遗传学现象：线粒体中由母系遗传的基因中，代间分布的差异比以前所知要高。细胞核里面的基因由父母双方传给下一代。在细胞浆中还有线粒体，只由母亲传给下一代。比较线粒体基因顺序发现，尼古拉二世有一个位点既不同于他姨妈的曾外孙、也不同于他妹妹的曾外孙女。但是，他和自己的弟弟是一样的（大概来源于他们的母亲）。这样看来，在四代之内，线粒体的基因遗传分布可以有差异。因为高度集中地研究一个家庭，给遗传学和分子生物学带来新发现，也许可以给其中一些研究者解嘲：免得老被人攻击他们这么固执地研究沙皇一家。
罗曼洛夫王朝中期的一个谜：保罗一世倒底是不是彼得三世和叶卡特琳娜大帝生的，也有可能用同样的DNA分析来确定，以便知道从保罗一世以后王朝是否还应该姓罗曼洛夫。中文世界里并不少见的血亲争议，其实也不难解决，也许更难解决的问题是：揭开血亲争议是否真的有意义、是否人们愿意知道答案。
对于尼古拉二世一家来说，他们尸骨的部分也算在英国皇室不愿喧哗的内疚和尴尬中，在伊凡诺夫的包里算是终于登上了英国土地。在DNA分析被官方接受以后，俄国隆重地安葬了尼古拉二世一家的尸骨。1997年底，美国推出动画片《安娜斯塔霞》，也许有会成为《白雪公主》、《睡美人》一般流行的故事，里面把坏事都归于“农民圣人”拉斯普丁，并让安娜斯塔霞公主还活着。不乏戏剧性的罗曼洛夫王朝有一部分成为了比现实简单而理想的童话。
注：尼古拉二世兄弟线粒体heteroplasmy和他们亲戚线粒体homoplasmy的原始报道见文献4，意义及介绍见文献5。
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本文部分发表于2002年1月10日《南方周末》(“ＤＮＡ追踪沙皇家族命运”)