中国科学研究的机构，少部分时间是有长远规划的安排，大部分是按当时情况做的加法减法。可能需要全局着眼，合理布局。
1）现实问题
因为多方面原因，出现目前的几种焦虑情况：
国家实验室的建设和管理、
科学院的定位和人员、
高等学校是否应该急于加入竞争大资源的项目。
在一定程度上，带来不必要的竞争。
并非困苦，而是发展迅速出现的窘境。
如果从全面和长远出发，应该可以解决，可以更上一层楼。
2）解决方案
一种合理的出路可能是，各司其职：
科技部管理经费
在科技部新增加“医学科学基金会”，发挥其熟悉基金管理的经验。不在卫生部增加不熟悉的经费管理功能，而卫生部集中关心全国人民的健康；
科技部的国家实验室管理职能交给科学院。
科学院管理应用研究
国家实验室归科学院管理。发挥其结构管理的特长。可以将其应用的研究所和其他研究所主要做应用的科学家转入国家实验室；
国家实验室不仅应用导向，而且应该主要是需要大团队、大设施、大平台的研究（三者必居其一）。
科学院不需要大团队、不常用大设施、不依赖大平台的基础研究，并入高校。
高校主要基础研究
高校也可以有无需大团队、大设施、大平台的应用研究。
这样机构可以长期稳定，科研人员集中精力做好全国需要的各方面的不同的科学研究，形成合力。
3）历史缘由
中国的科学结构建立不到一百年。1927年之前，科研机构无规律地散在一些公立和私立大学、以及民营或外国人资助的小型机构。1927年成立中央研究院，1929年成立北平研究院，1949年后与延安自然科学研究院合并成为中国科学院。
此后中国科学院长期为中国科学主体机构，其内涵有很大量以基础科学为主的研究所，如普遍以基础学科命名的研究所（数学、物理、化学、地理，并以细分的理论物理、高能物理、化学物理、生物物理作为研究所名称和方向）。
科学院也有应用研究的研究所，但各部委有自己的研究所，一般以应用为主。医学、农学、林学等部委有全国性的研究机构（医科院、农科院、林科院）。
高校科研长期普遍弱，但近二十多年蓬勃发展。如果科学院继续大量基础研究，就与高校机构重叠、方向重复。
应用导向的国家实验室，如果放在科技部，而不是科学院，就让科学院与科技部重叠应用研究。科学院被科技部新建立的国家实验室和高等院校夹在中间，应用和基础分别与两边重叠。而科技部成立国家实验室司，专门管理国家实验室，开始参加科技部日常不熟悉的机构管理职能，没有用上科学院本来就有的机构管理经验。不仅界限不清，而且没有用上科技部管理经费、科学院管理机构的长期经验。
似乎有必要进行调整，建立合理、合适、长期有效的布局。