成立于1917年，新楼落成于1921年的协和有三部分：
医疗、教学和科研。
协和的科研，最初二十年非常强。
而协和的后八十年，其科研不如前二十年，近四十年尤其离最初二十年很远。
其中原因很多。
前二十年，协和的条件远优于当时中国其他科研、教学和医疗机构。
招聘的系主任和教授非常强，有多位世界一流的，并且在协和短暂的前十几年做出了世界一流的科学研究。
例如：
解剖系的步达生（Davidson Black，1884-1934），对于周口店的“北京猿人”考古起了至关重要的作用；
生物化学系的吴宪，对于蛋白质--特别是免疫球蛋白--的研究达到了世界先进水平；
生理系的林可胜，及其学生冯德培，在消化道生理和神经生理做出了一流的研究；
微生物系的谢和平和内科的Hobart Reimann （1897-1986）在微生物方面研究很好，两人还曾涉及最后证明DNA是遗传物质的研究（虽然不是最关键的）；
药理系的陈克恢发现中药的化学组分麻黄素的药理作用。
协和最近庆祝时提到的从张孝骞、林巧稚等开始，而直到最近一年命名吴宪楼和可胜楼之前有意忽略了第一辈。其实他们都是这些人及其同事的学生。他们的科学研究传承于这些老师。
张孝骞、林巧稚等在医疗和教学有卓著的贡献。
但毋庸讳言，后来因为多种原因，他们在科研方面没有达到老师的水平。
协和科学研究衰败的原因有多个，资源大幅度降低、师资从分散到降低、体制和文化问题，是其中几个重要的因素。
五十年代，协和的经费急剧减少，师资被用于支援建设多个机构，包括北京的多个医院、军事医学科学院、北京大学的医学部、天津的医学机构（如血液研究所）等。1960年，首都医科大学创立，也因为协和毕业生吴阶平教授的关键作用而间接受益于协和。最近，首医毕业生担任协和医学院的领导而偿还了这一援助。
1950至1980年代，中国科学的经费主要在中国科学院，协和缺乏研究经费而受影响。
1990年代末，教育系统因为985计划、科学院因为“知识创新工程”得到不断增加的支持后，协和的研究，一直没有得到合适的支持，而协和的传统老科学家逐步全部凋零。
协和的科研经费似乎是最近（2017？）才有解决，而其空间本来就小，加上体制问题（包括近亲繁殖的文化问题），发展不如多所高校、科学院。
如果说1930年协和的基础医学的生物化学、生理学等超越全中国不仅基础医学，也远远超过全中国的生物系，恐怕没有异议。
但2020年的北大、清华生物系，在教授和科研质量上，恐怕与协和的类似学科交集很少（不是百分之百没有）（简单而言，协和基础医学方面的师资虽然与北大清华生命科学学院在学科上类似，但一般来说，质量相差很大）。
经费、空间、体制、文化，都很重要。
这里举例一个焦点：医学院与医院的关系。
协和医院与协和医学院长期的、体制性的分离，今天仍然是非常大的问题。有人可能因为医学院和医院的分离而权力大了，但全世界的历史证明医学院与医院的分离损害双方。
今天协和医院的研究，在多方面落后于中国很多医院，与1930年远远不可同日而语。
全世界的医学院和医院的关系都需要妥善处理。美国的医学院和医院矛盾一般在一百年前处理好。协和的矛盾，也许不需要再等一百年？
卫生部给协和最好的礼物，不是参会和祝贺，而是顺应医学教育被世界和中国历史证明的：医院隶属于医学院。如果卫生部能够为中国医学教育带这个好头，各地还有一些医学院与医院的关系，可能也能迎刃而解。
如果那样做，卫生部对于中国医学教育功莫大焉。
协和医院的英文名称一直是“协和医学院医院”，正如洛克菲勒大学的医院一直是“洛克菲勒大学医院”一样。
美国的医学院传统、资助协和与洛克菲勒医院的同一个基金会都是要求医院隶属于医学院。所以，协和医院也应该出于公心重新全面回归协和医学院。
关心协和者如果看到这篇文章，不应该否认事实，因为这不过是皇帝的新装故事重演，文章是愚蠢的小孩的话语，聪明的孩子不可能这么说。
关心协和与中国医学教育者似乎应该想如何解决问题。只有经费不够，再加空间也不够，体制和文化的改变，恐怕也不可避免，假设协和的未来一百年希望超越最初的二十年。
祝：团结起来的协和医学院及其医院再创辉煌。