科学研究当然有论文，“不唯论文”的意思是不仅仅看论文数量、论文在哪里发表，而看论文研究的问题是否重要、研究内容是否有科学意义或应用价值。
从二十多年前中国发英文论文都有困难，只要有十几篇垃圾论文因为是英文发表就可以当选中国科学院院士，到今天国际主要刊物每一期都有中国来的论文，这是很大的进步。
二十年前，我一个人坐下来，就可以把主要学术期刊上中国的论文全部数一遍，还能够当成那时中国科学史的一种研究内容。今天如果谁这样做，会被认为是精神病。这当然也是进步。
但随之而来的是，对论文、特别是对发表论文的杂志，有普遍的疯狂的追求。
今天中国的高校和科研单位，如果哪个单位不注重发表论文的杂志，一般会被多少人认为不称职、或者疯了。
但愿二十年后，哪个单位还像今天这样看重论文的杂志，也被认为是疯了。
北大-清华生命科学联合中心（或“清华-北大生命科学联合中心”，CLS）过去十二年来一直不唯论文，也就是说CLS在国家部委发通知前就“不唯论文”。但国家部委知道要纠偏，并不知道、也无法直接动手。
CLS从一开始就顶着压力，明确重视内涵，而不注重表面。
那时的北大科研处很热心论文。而且从它的角度，北大以前太不重视，所以进步的一个指标是发论文的杂志及其篇数。科研处的领导就是唯论文的积极分子。
因为我在国外有段时间文章也不算少，最初他们预计和希望我就能带头发论文，成为他们推广SCI的同盟军。
因为我自己回国后改变领域也改变模式，发文章锐减，他们对我颇有微词，而且在校领导层面多次批评我。后来则忍不住而经常在一般教授和科研人员中批我。
另外，因为一公和清华的CLS发论文在北大科研处及有些相关的不懂科学的文科人士看来非常好，北大曾经有一股讽刺挖苦我和北大CLS的风气。
但是，北大还有足够多的领导懂，并给CLS提供支持但不提论文要求。
我自己带头，思考如何转行，放弃以前发论文多的领域，寻找更重要和有意义的科研方向和内容。有些人认为我从此一蹶不振，甚至不如他们懂如何做科学。只有少数人知道我还在更努力地探索更重要的科学。北大科研处的人很不理解施一公为什么一直还尊重我的科学研究。
我这么做，一方面是因为我自己的科学追求，一方面是给北大CLS的老师暗示他们不用担心论文，而应该多担心研究内涵。一公在清华实际也重视内涵，但他自己论文发的特别好看，其他人里面就有不相信他重视内涵而不重视论文的观点。如果看看实际，就知道清华的CLS有发表过Cell、Nature、Science （所谓CNS）论文而没有通过长聘的，而且不止一人。
当然只有自己一个人落后不行，还要其他榜样。
北大CLS的唐世明，在已经获得杰青之后，申请来北大。在我明确告知不能沿用科学院的正教授职称而必须重新以助理教授起步，他也照样来北大，加入了脑研究所和CLS。来北大后，他文章特别少，但是脑研究所国际评审一直支持他。CLS曾经因为懂神经生物学的人太少，评审中刷掉过他一次，但后来他再度申请重新进了。而北大的“非升即走”/tenure体系也一致支持他获得永久教职。因为他坚持做重要的研究，不仅思考而且非常投入。可以说他投入过分，过年不回家，天天在实验室，做的工作被国际著名科学家特别重视，甚至送人来北大向他学习。所以，改革的体系对这类科学家也非常支持。
虽然改革后的CLS体系“不唯论文”，而且短期（最初几年）比清华生命科学的CNS论文少，但在国际评审，北大清华一直是很类似（无论是最高、最低、还是平均，几乎每次国际评审都是一样的）。几年后，北大的CNS论文也超过清华，但国际评审还是一样。所以，内涵很重要，CNS论文是表象，不值得一个优秀大学追求的表象。
Nature杂志围绕自己搞了一个Nature Index，并非最佳的评价方式，但是Nature按资本主义市场体系为自己设计的一个评价模式。2015年之后，北京大学不仅一跃成为中国生命科学第一，并且一直连续至今（后面2至8名一直有变化，生命科学之外其他学科也有此起彼落），而且多年在全世界的生命科学上升第一。当然，这是按照价值有限的Nature Index，说清楚了并非最佳评价体系。但如果唯论文的话，那就把北大生命科学当成唯论文的中国第一了。而北大生命科学从开始到现在都不强调也不奖励这种表面第一。
那么，为什么用为例？因为这说明“唯论文主义”的第一都不是由一心一意冲论文第一的单位所“夺得”。
CLS是两校教师体系改革的先锋，两校以其经验在2014年将评审体系推广到全校。所以，CLS的体制改革是我国高校体制改革的先导。
CLS“不唯论文”的实践，说明追求内涵更值得，附带也会“论文好看”，但目标更高尚，科学更深刻，研究更有意义。
CLS在“不唯论文”的道路上，继续向着更优美、有趣而且更有意义的科学发现和技术发明，前进。
其他单位，“不唯论文”当然很难，但如果有人坚持，也有可能。
饶毅（2001）中国科学：显著的发展和严峻的挑战---历史演变和现状比较。
《二十一世纪》
《科学时报》