为什么批评测序?

 

【带着问题做研究】

批评我国大量进行的基因组测序、单细胞测序,不是因为不会、不做,而是早就做过基因测序、而且长期做。但,是选择性、尽可能选择,为科学问题而做,不为发表测序结果而做。

恐怕,现在国内,热衷基因组测序、以基因组测序闻名的企业,没有一个员工,从最大的高管到一般技术人员,做测序的时间早于我。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

恐怕,现在国内,没有一个现在做单细胞测序的人、单位,做测序的时间早于我。

当然,不是说华人我第一个做测序,而是比较现在国内那些特别热门的机构和人员,在我批评他们的工作的时候,经常被误解,认为我自己不会基因测序或者不如他们。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

UCSF研究生期间,1988年,几个月主要的工作就是基因测序。也是我第一篇原始研究论文(1990)的图之一。

但是,那是由科学问题导向。果蝇一个基因突变后,导致神经系统增加、表皮减少。一篇文章是搞清楚这一变化,一篇文章是用遗传学和分子生物学找到这种突变影响的基因。

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以上这张关键的图,绝大多数现在做基因测序、基因组测序、单基因测序、转录组测序的人,其实不仅不会,也不懂。

而我的研究生工作,关键和主要的时间是获得以上的图。因为它总结了我如何、是否拿到了有重要功能的基因。‍‍

拿到基因之后,才有测序,不是为了测序而测序。

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(以上是测序的例子,不是1988年的结果)

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我在Harvard博士后期间(1991-1994),测了恐怕二十几个基因的序列,但用过半个,其他都没有发表。‍‍

我那时候的测序,用的是聪明的Sanger发明的方法。理解这种方法的原理很有趣,虽然我们做起来是手工活,但心里乐滋滋,因为每一次洗长长的玻璃板、保证玻璃板倒胶没有气泡、在自己实验台上开上两三千伏的高压电,都记得自己是为了科学问题、用了聪明人聪明原理的方法,就在自己面前出现基因序列,序列将提示其编码蛋白质的功能,有助于理解我们希望理解的问题(虽然不是每一次都能达到目的,但目的是理解功能及其机理,这一点本身是非常清晰的)。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

我实验室30年来,基本每年都有基因测序,而且可能几周就有一次,是以分子生物学为核心的我的实验室的常规。‍‍‍‍‍

但是,我们测序不是目的,而是手段之一。在没有达到目的的情况下,测序结果完全不发表。

我实验室也做蛋白质的质谱分析,但迄今,也是大部分结果没有发表,而只发表了与研究问题相关、有助于对问题研究的少部分结果。

因为,无论是基因测序、基因组测序、转录组分析,还是蛋白质、蛋白磷酸化组、代谢组,我们都是作为技术手段,与其他技术手段结合,用于研究科学问题。‍‍

我们从来不把测序、各种组学作为最终结果而发表出来。虽然,其他人发表过多篇这种文章,我们要就是不发表,要就是作为一篇文章中的一个图。而其他实验室,有时发表了两篇全文,都是我们不发表的那种文章,没有推进问题的理解,只是资料堆砌。‍‍‍‍‍‍‍

我们不是资料收集员。用有些物理学家的话,我们的研究“不是集邮”。

所以,当大量以资料为全部内容,假惺惺说有什么其他意义的文章充斥文献的时候,当国内很多机构对此推崇备至、做这样工作的技术员大量被称为科学家的时候,当国内大量经费和人力资源被浪费于这类工作的时候,当一批年轻人误认为这就是他们的前途而乐此不疲的时候,总应该有人出来说清楚:

同志们、朋友们、年轻的后辈们,应该让更有钱的国家及其人员去收集资料,我们国家,刚刚有足够经费用于科学,我们要做有科学或应用意义,更有趣甚至优雅的工作,不能一窝蜂地投身无头苍蝇式的工作,并洋洋得意。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

机构应该担当负责,不能误国误民,浪费民脂民膏,辜负国家的重托和社会的期待。‍‍‍‍

个人应该理智理性,不能耽误自己,浪费能力时间,辜负家庭的期望和自己的潜力。‍‍‍‍‍‍

这是作为老资格懂测序意义的科学家的忠告。

当然,只有少数机构负责人会逐渐改,大多数机构不负责任只会随大流、不敢自己带头改,而是怨恨正确的批评、却对错误处之泰然。

自然,只有少数研究人员会接受这种忠告,大多数也不会听,可能还会抱怨。

歪风得不到及时纠正、浪费国家的事不关己,这种习俗在我国科学界不知道还有多长时间。